Fregaty handlowe zaczęto eksploatować po fleutach i pinasach, które jeszcze przez pewien czas przetrwały razem z nimi. W XVII w. fregaty handlowe żeglowały również z indiamenami, od których odróżniały się głównie bardziej smukłą zanurzoną częścią kadłuba.
Były szybkie i występowały również w mniejszych wariantach jako statki do żeglugi na krótkich trasach. Fredrik H. af Chapman w „Architectura Navalis Mercatoria”, klasycznym dziele o statkach XVII i XVIII w., charakteryzuje fregaty handlowe zagiętą dziobnicą z galionem i rufą z pawężą, czyli ściętą, tylną częścią kadłuba. Champan w XVIII w. nie dokonywał podziału statków według rodzaju ożaglowania, jak to się robi dzisiaj, gdy fregata jest identyczna z pełnorejowcem, ale według kształtu dziobu i rufy. Fregaty handlowe XVIII w. były podobne do fregat wojennych, jednak miały niewspółmiernie słabsze uzbrojenie.
Np. fregata „Bounty”, która przeszła do historii z powodu buntu załogi przeciw okrutnemu postępowaniu kapitana Williama Bligha, miała 4 większe i 10 mniejszych dział. „Bounty” była przebudowana z małego statku handlowego „Bethia” i posiadała koło sterowe — w owym czasie będące jeszcze nowością. Buntownicy z Christianem Fletcherem na czele, w 1789 r. wysadzili kapitana Bligha i jego 18 towarzyszy, z najniezbędniejszymi zasobami żywności na pełnym morzu przy Wyspach Fidżi, na 7 m długości łódź ratunkową, której wolna burta wynosiła tylko 15 cm. Na szczęście morze było spokojne, ale równocześnie nieznajome i osamotnionym oraz głodnym żeglarzom odbierało ostatnie siły.
Po 42 dniach żeglugi i przebyciu 3618 mil, przybili szczęśliwie do brzegów wyspy Timor. Był to swoistego rodzaju wyczyn, który kapitana Bligha postawił w rzędzie największych żeglarzy. Część buntowników, którzy wrócili na Tahiti, gdzie „Bounty” zawinął jeszcze pod dowództwem kapitana Bligha, została później aresztowana i stracona. Reszta załogi odpłynęła na „Bounty” na wyspę Pitcairn, i na długo słuch o nich zaginął. Dopiero w 1808 r. na ich ślad trafili łowcy wielorybów, ale na wyspie w tym czasie żyli już tylko potomkowie buntowników.
O buncie na „Bounty” nakręcono filmy i w związku z tym zbudowano kilka replik statku. Kopia zbudowana w latach sześćdziesiątych, która odbyła kilka rejsów do portów Ameryki Północnej i Europy, znajduje się dzisiaj na Florydzie jako statek-muzeum. Ostatnia replika „Bounty” z 1979 roku zbudowana została na Nowej Zelandii.
