Na początku XVI w. nie było zasadniczych różnic między żaglowcami wojennymi a handlowymi. Każda karawela, karaka i galeon posiadały do swojej obrony działa, które w czasie wojny były uzupełniane dalszym uzbrojeniem. Od galeonu XVI w. rozpoczęła się specjalizacja statków i ich podział na wojenne i handlowe, który przetrwał do dzisiaj.

Doszło do tego między innymi z tego powodu, że uzbrojenie na galeonach handlowych zajmowało cenną przestrzeń ładunkową. Uzbrojenie nie było już rozmieszczone tylko na górnym pokładzie i w nadbudówkach, ale również na dolnym pokładzie. Siła ogniowa podwoiła się, ale jednocześnie doszło do zmniejszenia wytrzymałości burt, w wyniku czego niezbędnym było wzmocnienie szkieletu statku, a co za tym idzie i poszycia. Typ hiszpańskich galeonów wojennych — osiągających długość 40 i szerokość 10 m, stał się podstawą wyposażenia nowoczesnych flot wojennych.

W Anglii przebudowano olbrzymi reprezentacyjny statek królewski Henryka VIII — „Henry-Grace-a-Dieu” (popularnie nazywany „Great Harry”) — na galeon wojenny ze 150 działami przeważnie małych kalibrów, 700-osobową załogą i trzema kondygnacjami żagli na czterech masztach. W roku 1514, kiedy został zbudowany jako największy statek świata, miał wyporność 1500 t. Uczestniczył jednak tylko w jedynej bitwie, ale na jego wzór zbudowano dalsze angielskie galeony wojenne, przy konstruowaniu których wykorzystano również doświadczenia zdobyte na galeonach korsarskich. Angielskie galeony wojenne projektowa-ne były przez Mathew Bakera. Ich długość wynosiła 43 m, szerokość 11,5 m a na swym pokładzie miały 80 dział różnych kalibrów. Pod koniec XVI w. prawie wszystkie państwa morskie posiadały floty wojenne.

Kiedy królowa angielska Elżbieta I na pokładzie „Golden Hind” nadała tytuł szlachecki Francisowi Drake’owi, hiszpański król Filip II uznał ten fakt za jawną prowokację. W 1588 r. zorganizował przeciw Anglii „Niezwyciężoną Armadę”, złożoną ze 160 żaglowców, na których zaokrętowano 27 000 osób. Flota angielska, której okrętem flagowym był „Ark Royal”, galeon bardzo podobny do „Great Harry’ ego” liczyła w przybliżeniu tyle samo okrętów, ale jednak mniejszych. Większość z nich była na prędce uzbrojonymi statkami handlowymi. Posiadały jednak znacznie lepsze działa, które mogły prowadzić ogień w każdą stronę i na większą odległość niż okręty hiszpańskie. Po stronie angielskiej walczyło tylko 15 000 osób, jednak lepszą taktyką pokonali Hiszpanów w bitwie w kanale La Manche, co oznaczało koniec hiszpańskiego panowania nad morzami świata.